Configuration file and keywords for doFORC
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Acronyms: | $\mathcal{O}$ = Optional |
$\mathcal{M}$ = Mandatory | |
N/A = Not Applicable |
Keyword | $\mathcal{O}$ $\mathcal{M}$ | Type | Default value | Accepted values | Description | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Input data | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
input_file | $\mathcal{M}$ | string | N/A | N/A | File containing the input data.
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input_file_format | $\mathcal{M}$ | string | N/A | PMC, h_m, ha_hr_m, hr_ha_m |
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PMC |
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h_m |
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ha_hr_m |
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hr_ha_m |
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drift_correction | $\mathcal{O}$ | logical | false | true false |
Only for PMC / Lakeshore format. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
uw | $\mathcal{O}$ | logical | false | true false |
User weights to give to individual observations in the sum of squared residuals that forms the local fitting criterion. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
false | No user weight is provided. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
true | User weights (nonnegative values) are provided as a 3rd (PMC and h_m data) or 4th (otherwise) column in input_file. If an observation's weight is zero or negative, the observation is ignored in analysis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
atol | $\mathcal{O}$ | real | 0.0 | atol ≥ 0 | Remove points that are closer than some tolerance (duplicate or nearby points) from input_file. Only one of atol and rtol tolerance parameters can be used:
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rtol | $\mathcal{O}$ | real | 0 | rtol ≥ 0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
fill_x-steps_gt | $\mathcal{O}$ | real | 0 | ≥ 0 | Resample individual FORCs by filling gaps greater than 'fill_x-steps_gt' on each individual FORC [curves given by the points with the same $y$ ($h_{\mathrm{reversal}}$) coordinate], in the preprocessing step. This feature is useful in the case of missing data or of large gaps in the input data. A statistic regarding the values of the increment $dx$ on each individual curve and respectively of the increment $dy$ between curves is provided in the Command Prompt window. Default value = no filling | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
merge_x-steps_lt | $\mathcal{O}$ | real | 0 | ≥ 0 | Resample individual FORCs by merging the points that are separated by steps less than 'merge_x-steps_lt' on each individual FORC [curves given by the points with the same $y$ ($h_{\mathrm{reversal}}$) coordinate], in the preprocessing step. This feature is useful in the case of "very close" points in the input data. The merging procedure may return points that were not input points, and it can even have a "smoothing effect". The first point corresponding to the smallest value of the $x$ ($h_{\mathrm{applied}}$) coordinate on each individual FORC is not modified. Default value = no merging | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
nn_iFORC | $\mathcal{O}$ | integer | 0 | nn_iFORC = 0 nn_iFORC ≥ 2 |
Number of nearest neighbors used to smooth each individual FORC with respect to $h_{\mathrm{applied}}$, in the preprocessing step. Smoothing is performed with a local regression around each input point, the size of each neighborhood being chosen so that the neighborhood contains at most nn_iFORC+1 data points. The individually smoothed curves will be subsequently smoothed with respect to both $h_{\mathrm{applied}}$ and $h_{\mathrm{reversal}}$, in the processing step. Default vale = no smoothing. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
noncircularity | $\mathcal{O}$ | real | 1.0 | > 0 | Scale factor for input data before smoothing process, in the preprocessing step: $\;\overline{y}=\dfrac{y}{\mathrm{noncircularity}}$ . Scale factor changes the shape of the neighborhood, considering the points lying on an ellipse centered at the given point to be equidistant from the given point, and it is useful when the variables have different scales.
After smoothing all the data are transformed back to their original state. Default value = no scaling of the independent variables $\left( h_{\mathrm{applied}},h_{\mathrm{reversal}} \right) \equiv \left( x,y \right)$. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
standardize_data | $\mathcal{O}$ | integer | 0 | 0,1,2,3,4 | Standardize input data before smoothing process, in the preprocessing step: $\;\overline{x}=\dfrac{x-x_{\mathrm{mean}}}{\sigma _x}$, $\;\overline{y}=\dfrac{y-y_{\mathrm{mean}}}{\sigma _y}$, $\;\overline{z}=\dfrac{z}{\sigma_z}$, where $x_{\mathrm{mean}}$, $y_{\mathrm{mean}}$ are the Winsorized mean value of each variable, and $\sigma _x$, $\sigma _y$, $\sigma_z$ the Winsorized standard deviation of each variable. Winsorized mean and standard deviation are robust scale estimators in that extreme values of a variable are discarded (the smallest and largest 5% of the data) before estimating the data scaling. Standardization changes the shape of the neighborhood and it is useful when the variables have significantly different scales. After smoothing all the data are transformed back to their original state. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
0 |
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1 |
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2 |
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3 |
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4 |
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curves_to_be_processed | $\mathcal{O}$ | string | all |
|
Curves (FORCs) to be processed in the processing step. The command has three optional subcommands (parts):
For example, '10:30:2 dy=0.01 extend' will select from the curves 10, 12, ..., 28, 30 those curves for which the value of the increment between them is greater than 0.01, and will extend the cropped region to the maximum allowed values. Default value = all curves will be processed | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Output data | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
output_points | $\mathcal{O}$ | string | input_points | input_points | Output is provided in the input $\left( h_{\mathrm{applied}},h_{\mathrm{reversal}} \right) \equiv \left( x,y \right)$ points. This option is intended for both FORC diagrams (or other derivatives) calculation and for a general use, as the calculation is made at the points provided in the input file. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha_hr_regular_grid | Output is provided in a regular grid with:
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hc_hu_regular_grid | Output is provided in a regular grid with:
This option is intended for FORC diagrams (or other derivatives) calculation. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
rectangular_grid | Output is provided in a regular rectangular grid with:
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user_points | Output is provided in the user defined points from user_output_points_file. This option is intended for both FORC diagrams (or other derivatives) calculation and for a general use, as the calculation is made at the points provided by the user. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
user_output_points | $\mathcal{M}$ | string | N/A | N/A | Only for output_points = user_points. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha_in_min | $\mathcal{O}$ | real | N/A | $\geq \min \left( h_{\mathrm{applied}}\right) $ |
Only for output_points = input_points.
Crop input points, ignoring the points that are outside the domain: $\; \left[ \mathrm{ha\_in\_min},\,\mathrm{ha\_in\_max}\right] \times \left[ \mathrm{hr\_in\_min},\,\mathrm{hr\_in\_max}\right] $. In order to diminish the boundary effects (numerical artifacts), the processing is accomplished (if there are input points) on a larger domain:$\left[ \mathrm{ha\_in\_min-}\Delta h_{a},\,\mathrm{ha\_in\_max+}\Delta h_{a}\right] \times \left[ \mathrm{hr\_in\_min-}\Delta h_{r},\,\mathrm{hr\_in\_max+}\Delta h_{r}\right], $ where $\left\{ \begin{array}{l} \Delta h_{a}=0.1\left( \,\max \left( h_{\mathrm{applied}}\right) -\min \left( h_{\mathrm{applied}}\right) \right) \\ \Delta h_{r}=0.1\left( \,\max \left( h_{\mathrm{reversal}}\right) -\min \left( h_{\mathrm{reversal}}\right) \right) \end{array}\right. $ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha_in_max | $\mathcal{O}$ | real | N/A | $\leq \max \left( h_{\mathrm{applied}}\right) $ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hr_in_min | $\mathcal{O}$ | real | N/A | $\geq \min \left( h_{\mathrm{reversal}}\right) $ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hr_in_max | $\mathcal{O}$ | real | N/A | $\leq \max \left( h_{\mathrm{reversal}}\right) $ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
nha | $\mathcal{M}$ | integer | N/A | nha > 0 |
Only for output_points = ha_hr_regular_grid.
In order to diminish the boundary effects (numerical artifacts), the processing is accomplished (if there are input points) on a larger domain: $\left[ \mathrm{ha\_min}-\Delta h_{a},\,\mathrm{ha\_max}+\Delta h_{a}\right] \times \left[ \mathrm{hr\_min}-\Delta h_{r},\,\mathrm{hr\_max}+\Delta h_{r}\right] $, where $\left\{ \begin{array}{l} \Delta h_{a}=0.1\left( \mathrm{ha\_max} - \mathrm{ha\_min} \right) \\ \Delta h_{r}=0.1\left( \mathrm{hr\_max} - \mathrm{hr\_min} \right) \end{array}\right. $. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha_min | $\mathcal{M}$ | real | N/A | $\geq \min \left( h_{\mathrm{applied}}\right) $ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ha_max | $\mathcal{M}$ | real | N/A | $\leq \max \left( h_{\mathrm{applied}}\right) $ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
nhr | $\mathcal{M}$ | integer | N/A | nhr > 0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hr_min | $\mathcal{M}$ | real | N/A | $\geq \min \left( h_{\mathrm{reversal}}\right) $ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hr_max | $\mathcal{M}$ | real | N/A | $\leq \max \left( h_{\mathrm{reversal}}\right) $ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
nhc | $\mathcal{M}$ | integer | N/A | nhc > 0 |
Only for output_points = hc_hu_regular_grid.
In order to diminish the boundary effects (numerical artifacts), the processing is accomplished (if there are input points) on a larger domain: $\left[ \mathrm{hc\_min}-\Delta h_{c},\,\mathrm{hc\_max}+\Delta h_{c}\right] \times \left[ \mathrm{hu\_min}-\Delta h_{u},\,\mathrm{hu\_max}+\Delta h_{u}\right] $, where $\left\{ \begin{array}{l} \Delta h_{c}=0.1\left( \mathrm{hc\_max} - \mathrm{hc\_min} \right) \\ \Delta h_{u}=0.1\left( \mathrm{hu\_max} - \mathrm{hu\_min} \right) \end{array}\right. $. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hc_min | $\mathcal{M}$ | real | N/A | $\geq\min \left( h_{\mathrm{coercive}}\right) $ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hc_max | $\mathcal{M}$ | real | N/A | $\leq\max \left( h_{\mathrm{coercive}}\right) $ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
nhr | $\mathcal{M}$ | integer | N/A | nhu > 0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hu_min | $\mathcal{M}$ | real | N/A | $\geq \min \left( h_{\mathrm{coercive}}\right) $ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hu_max | $\mathcal{M}$ | real | N/A | $\leq \max \left( h_{\mathrm{coercive}}\right) $ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
nx | $\mathcal{M}$ | integer | N/A | nx > 0 |
Only for output_points = rectangular_grid.
In order to diminish the boundary effects (numerical artifacts), the processing is accomplished (if there are input points) on a larger domain: $\left[ \mathrm{x\_min}-\Delta x,\,\mathrm{x\_max}+\Delta x\right] \times \left[ \mathrm{y\_min}-\Delta y,\,\mathrm{y\_max}+\Delta y\right] $, where $\left\{ \begin{array}{l} \Delta x=0.1\left( \mathrm{x\_max} - \mathrm{x\_min} \right) \\ \Delta y=0.1\left( \mathrm{y\_max} - \mathrm{y\_min} \right) \end{array}\right. $. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
x_min | $\mathcal{M}$ | real | N/A | $\geq \min \left( x\right) $ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
x_max | $\mathcal{M}$ | real | N/A | $\leq \max \left( x\right) $ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ny | $\mathcal{M}$ | integer | N/A | ny > 0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
y_min | $\mathcal{M}$ | real | N/A | $\geq \min \left( y\right) $ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
y_max | $\mathcal{M}$ | real | N/A | $\leq \max \left( y\right) $ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
nsb | $\mathcal{O}$ | integer | 0 | $\mathrm{nsb} \geq 0$ | Number of points to skip at the border $h_{\mathrm{applied}}=h_{\mathrm{reversal}}$ or $h_{\mathrm{coercive}}=0$ in a regular grid output.
These points are only omitted in the output data, not in the calculations. This option is useful to hide the possible boundary effects (numerical artifacts). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
order_of_derivative | $\mathcal{O}$ | integer | 0 6 | 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6 | Order of the partial derivatives to be numerically computed in the output_points | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
0 | zero derivative, i.e., the smoothed (estimated) value $\hat{f}$ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1, 2 | first order derivatives $\dfrac{\partial \hat{f}}{\partial x}$, $\dfrac{\partial \hat{f}}{\partial y}$ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3, 4, 5 | second order derivatives $\dfrac{\partial ^{2}\hat{f}}{\partial x^{2}}$, $\dfrac{\partial ^{2}\hat{f}}{\partial x\partial y}$, $\dfrac{\partial ^{2}\hat{f}}{\partial y^{2}}$ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
6 | FORC diagram $=-\dfrac{1}{2}\dfrac{\partial ^{2}\hat{f}}{\partial x\partial y}$ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
format | $\mathcal{O}$ | string | g17.5e3 | N/A | Format at which the values in the output files are to be saved.
w = number of positions to be used to write a number including its sign, decimal point, decimal places, exponent part and leading spaces between two consecutive numbers on a line d = number of digits to the right of the decimal point e = number of digits in the exponent part without its sign Warning: errors with FORMAT are not detected until writing time, when the output can be asterisks * | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regression / Least squares fit | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regression_method | $\mathcal{O}$ | string | qshep | loess | LOESS (LOcal regrESSion) method using quadratic polynomials for the local fitting | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
qshep | quadratic → modified quadratic polynomial Shepard method | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cshep | cubic → modified cubic polynomial Shepard method | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
tshep | trigonometric → modified cosine series Shepard method | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
drop_x2 | $\mathcal{O}$ | logical | false | true false |
Drop square: only for 'regression_method = loess' or 'regression_method = qshep'.
Specifies the quadratic monomials to exclude from the local quadratic fits. For example, 'drop_x2 = false, drop_y2 = true' uses the monomials 1, $x$, $y$, $x^{2}$, and $xy$ in performing the local fitting. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
drop_y2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
kernel | $\mathcal{O}$ | integer | 6 | 1 | uniform (rectangular window) | $1$ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 | triangular | $1-\left\vert u\right\vert $ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 | Epanechnikov (quadratic, parabolic) | $1-u^{2}$ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 | quartic (biweight, bisquare) | $\left( 1-u^{2}\right) ^{2}$ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
5 | triweight | $\left( 1-u^{2}\right) ^{3}$ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
6 | tricube | $\left( 1-\left\vert u\right\vert ^{3}\right) ^{3}$ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
7 | raised cosine (Tukey-Hanning) | $\dfrac{1+\cos \left( \pi u\right) }{2}$ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
8 | cosine | $\cos \left( \dfrac{\pi }{2}u\right) $ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
9 | Gaussian | $\exp\left( -\dfrac{1}{2}\dfrac{u^{2}}{\sigma ^{2}}\right) $ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
10 | exponential | $\exp \left( -\lambda \left\vert u\right\vert \right) $ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
11 | inverse distance | $\dfrac{1}{1+\left\vert u\right\vert }$ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
12 | Cauchy | $\dfrac{1}{1+u^{2}}$ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
13 | Parzen | $\left\{ \begin{array}{ll} 1-6u^{2}+6\left\vert u\right\vert ^{3} & \mathrm{,if\enspace }0\leq \left\vert u\right\vert <0.5 \\ 2\left( \,1-\left\vert u\right\vert \right) ^{3} & \mathrm{,if\enspace }0.5\leq \left\vert u\right\vert \leq 1% \end{array}% \right. $ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
14 | McLain | $\dfrac{1}{\left( \varepsilon +\left\vert u\right\vert \right) ^{2}}$ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
15 | Franke-Nielson | $\dfrac{1-\left\vert u\right\vert }{\varepsilon +\left\vert u\right\vert }$ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
uif | $\mathcal{O}$ | real | 1.0 | User interpolation factor = Scale factor for the weight associated with a node in the least squares system for the corresponding nodal function.
A large weight can be used to force interpolation. Default value 1 means "pure" fitting. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
nrr | $\mathcal{O}$ | integer | 0 | nrr ≥ 0 | Number of robust locally weighted regressions: initial fit is followed by nrr iteratively reweighted iterations.
Such iterations are appropriate when there are outliers in the data or when the error distribution is a symmetric long-tailed distribution. If nrr is provided then:
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nn_list nn_range |
Number of nearest neighbors nn (smoothing parameter) - number of data points to be used in the least squares fit for coefficients defining the nodal functions.
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nn_list | $\mathcal{M}$ | integer | N/A | see above | nn_list specifies a list of positive integer nn values and it can be given as:
- if no CRITERION is specified → a separate fit is provided for each nn value - if a CRITERION is specified → all values specified in nn_list are examined, and the value that minimizes the specified CRITERION is selected | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
nn_range | $\mathcal{M}$ | integer | N/A | see above | nn_range specifies two values: lower, upper
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rnnw | $\mathcal{O}$ | real | 1.0 | rnnw > 0 | Only for 'shep' methods and only for output_points ≠ input_points. Relative number (with regard to nn) of nearest neighbors used to compute the output in points that are different from the input points. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Statistics | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ihat | $\mathcal{O}$ | integer | 1 | 0, 1, 2 | Only for 'loess' method:
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0 | The hat matrix $L$ is not computed | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1 | Only the diagonal of $L$ matrix is computed → approximate delta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 | Full $L$ matrix is computed:
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istat | $\mathcal{O}$ | integer | 1 | 0, 1, 2 | Only for 'shep' methods:
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alpha | $\mathcal{O}$ | real | 0.05 | 0 < alpha < 1 | Significance level for confidence intervals. Only for ihat = 2 or istat = 2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
smoothresidual | $\mathcal{O}$ | logical | false | true false |
Add in the smoothed_input file a smoothing fit of the residuals for each smoothing parameter nn. This fit is computed independently of the fit that is used to obtain the residuals. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CRITERION | $\mathcal{O}$ | string | DEFAULT | Criterion for automatic smoothing parameter selection. DEFAULT value means: - no automatic selection for nn_list - AICC for nn_range | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AICC | an approximation of AICC1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AICC1 | corrected/improved version of Akaike information criterion (AIC) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GCV | generalized cross validation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DF1 | degrees of freedom | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DF2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DF3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DFtarget | $\mathcal{M}$ | real | N/A | 1 < DFtarget < n | Degrees of Freedom target → only for 'DF' criterions |